De vrije CLB's in heel Vlaanderen verenigen zich in een netwerk: Vrij CLB Netwerk. Dit netwerk wordt aangestuurd door een directiecomité, de raad van bestuur en de algemene vergadering.
Het directiecomité is verantwoordelijk voor de voorbereiding van de strategische krijtlijnen voor de vrije CLB's in heel Vlaanderen en vraagt hiervoor tevens de input van de lokale besturen. Het finale ontwerp wordt voorgelegd, besproken en waar nodig aangepast en goedgekeurd in de raad van bestuur van het netwerk.
Het directiecomité overziet en is verantwoordelijk voor de aansturing van de werkgroepen. Meer specifiek bepaalt het directiecomité de doelstelling, tijdslijn, rapportering en verwachte resultaten van elke werkgroep. Verder dient het directiecomité de werkgroepen te monitoren en bij te sturen op basis van de afgesproken periodieke rapportering. De werkgroep legt de finale resultaten ter goedkeuring voor aan het directiecomité. Indien deze resultaten een impact hebben op de strategie van de vrije centra worden de resultaten tevens ter goedkeuring voorgelegd aan de raad van bestuur van het Vrij CLB Netwerk. Het directiecomité ontbindt de werkgroep wanneer de beoogde doelstellingen behaald zijn en voert een evaluatie uit van de werkgroep om lessen te trekken naar de toekomst.
Het directiecomité is tevens verantwoordelijk voor de communicatie van genomen beslissingen naar alle lokale besturen en centrumdirecties en stelt de nodige informatie per thema ter beschikking in een centrale kennisdatabank. Verder is het directiecomité verantwoordelijk voor de voorbereiding van de strategische krijtlijnen van Vrij CLB Netwerk en de standpunten ten aanzien van derden op Vlaams niveau. Het directiecomité is voldoende kritisch voor de eigen genomen beslissingen, bekijkt op welke wijze deze beslissingen de lokale praktijk ondersteunen en stuurt waar nodig bij. Het directiecomité houdt hiervoor de vinger aan de pols bij de lokale centra.
Het directiecomité komt tweewekelijks samen, behalve tijdens schoolvakanties.
De raad van bestuur komt minstens 4 keer per jaar samen.
Alle vrije centra voor leerlingenbegeleiding zijn lid van de algemene vergadering. De leden-CLB besturen de ledenvereniging, maar ook partnerorganisaties nemen deel aan de besluitvorming.